Początek nowego wieku to przygotowania do wejścia Polski do Unii Europejskiej. jednym z elementów tego procesu była możliwość skorzystania z programów przedakcesyjnych. WFOŚiGW w Rzeszowie uczestniczył w realizacji zadań współfinansowanych przez UE jeszcze w 2003 r., uruchomił program współfinansowania, który miał za zadanie uzupełnienie środków samorządów starających się o dotacje z przedakcesyjnego programu SAPARD (Special Accession Programme for Agriculture and Rural Development, czyli Specjalny Przedakcesyjny Program na Rzecz Rolnictwa i Rozwoju Obszarów Wiejskich).
Fundusz udzielał samorządom pożyczek uzupełniających, które pozwalały sfinansować wkład własny do projektów, jak i pożyczek pomostowych, które pozwalały finansować inwestycje przed uzyskaniem zwrotu. Samorządy z województwa podkarpackiego dostały przede wszystkim pożyczki na budowę kanalizacji (15) oraz dwie na rozbudowę składowisk odpadów i jedną na budowę wodociągu. Łączna wartość tych inwestycji to około 146 mln zł, w tym ponad 30 mln zł to pożyczki z WFOŚiGW w Rzeszowie, które zapewniły ponad 26% finansowania. Ważne projekty z tych czasów to składowisko odpadów w Kozodrzy (którego rozbudowa była finansowana) oraz składowisko odpadów w Jaworniku Niebyleckim.
Wojewódzkie fundusze, na mocy porozumienia zawartego w kwietniu 2003 r. z Narodowym Funduszem Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej, pełniły rolę instytucji pośredniczącej III szczebla w procesie przygotowania przedsięwzięć do dofinansowania ze środków Funduszu Spójności. Fundusz ten finansował duże projekty, o minimalnej wartości 10 mln euro.
W marcu 2004 r. Minister Środowiska wskazał do przygotowania aplikacji projekt „Program porządkowania gospodarki wodno-ściekowej na terenie miasta Tarnobrzega” zgłoszony przez Miasto Tarnobrzeg. Na przygotowanie wymaganej dokumentacji Fundusz udzielił dotacji w wysokości 165 tys. zł. Projekt został w sierpniu 2004 r. przekazany do Komisji Europejskiej i uzyskał dofinansowanie.
WFOŚiGW dotował także opracowanie dla projektu wodno-ściekowego „Program poprawy czystości zlewni rzeki Wisłoki” Związek Gmin Dorzecza Wisłoki dotacją w wysokości 183 tys. zł. To może nie jest dużo, ale dzięki temu m.in. udało się ZGDW uzyskać dotację w Funduszu Spójności. Projekt zakresem terytorialnym objął 16 gmin: Brzostek, Czarna, Dębica, Dębowiec, Jasło, Miasto Jasło, Jedlicze, Kołaczyce, Krempna, Osiek Jasielski, Pilzno, Sękowa, Skołyszyn, Szerzyny, Tarnowiec, Żyraków. Wartość całkowita projektu to 48,6 mln euro, z czego wysokość dofinansowania ze środków Funduszu Spójności to ponad 40 mln euro. Okres realizacji to lata 2005-2010. Efektem było powstanie sieci kanalizacyjnych i wodociągowych, a także rozbudowa i modernizacja oczyszczalni w Pilźnie i Kleciach czy budowa oczyszczalni w Szerzynach i Tarnowcu, Wapiennem, Osieku Jasielskim, Przysieku, modernizacja Stacji Uzdatniania Wody w Jaśle.
W kolejnych latach, już po akcesji Polski do Unii Europejskiej, Fundusz wspomagał zadania, które uzyskały środki w ramach Zintegrowanego Programu Operacyjnego Rozwoju Regionalnego, udzielając pożyczek na ich realizację oraz pożyczek pomostowych na bieżące finansowanie, do czasu zwrotu środków z Unii Europejskiej. W okresie programowania 2004-2006 Fundusz przygotowywał projekty ubiegające się o decyzję Komisji Europejskiej oraz pomoc z Funduszu Spójności. Przykłady to „Modernizacja oczyszczalni ścieków w Przemyślu”, „Uporządkowanie systemu zbierania i oczyszczania ścieków w Mielcu”, „Gospodarka wodno-ściekowa w Stalowej Woli”, „Program poprawy wody pitnej dla aglomeracji rzeszowskiej”, „Program porządkowania gospodarki wodno-ściekowej na terenie miasta Tarnobrzega” czy też projekt Związku Komunalnego Wisłok „Program poprawy czystości zlewni rzeki Wisłoki - uporządkowanie gospodarki ściekowej w gminach Związku”
Fundusz był też jednostką wdrażającą dla projektów o wartości poniżej 25 mln euro dla I i II osi priorytetowej Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko.
WFOŚiGW w Rzeszowie odgrywał ważną rolę w rozdziale środków unijnych także w perspektywie 2007-2013. W czerwcu 2007 r. podpisane zostało porozumienie z Ministerstwem Środowiska, dzięki któremu stał się Instytucją Wdrażającą Program Operacyjny Infrastruktura i Środowisko. Zajmował się wyłącznie wdrażaniem projektów o wartości poniżej 25 mln euro dotyczących gospodarki wodno-ściekowej i gospodarki odpadowej realizowanych na terenie województwa. Łączna wartość dofinansowania to ponad 106 mln złotych. W takich aglomeracjach jak Dębica, Ropczyce, Rzeszów, Leżajsk, Jasło, Gorlice, Jaworze-Bielowy (gmina Pilzno) i Nisko powstało około 130 km sieci kanalizacji sanitarnej oraz ponad 138 km sieci wodociągowej. Zmodernizowano trzy oczyszczanie ścieków w Dębicy, Jaśle i Woli Żyrakowskiej. Ponad 150 tys. osób zostało podłączonych do nowo budowanej sieci kanalizacji sanitarnej oraz ponad 5 tys. osób do sieci wodociągowej.
Z kolej projekt odpadowy dotyczył uporządkowania i organizacji gospodarki odpadami komunalnymi w powiecie dębickim oraz w gminach Wielopole Skrzyńskie i Przecław. Dzięki niemu Zakład Gospodarowania Odpadami w Paszczynie obsługuje ponad 155 tys. mieszkańców.
Na szczególną uwagę zasługuje projekt Związku Gmin Dorzecza Wisłoki w Jaśle (tym razem drugi etap porządkowania gospodarki wodno-ściekowej w zlewni rzeki), a także projekty z gminy Trzebownisko (oczyszczalnia w Nowej Wsi za 17 mln zł, w tym 14 mln zł dotacji) oraz oczyszczalnia w Łańcucie. Niewielki, chociaż też ważny był projekt dotyczący II etapu
kanalizacji w Rzeszowie (wartość to 730 tys. zł).
Nie należy zapominać o innych ważnych działaniach: z udziałem środków Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej usuwane są skutki powodzi, co np. tylko w 2010 r. kosztowało 13,3 mln zł. Do tego doszły także dotacje dla Państwowej Straży Pożarnej i OSP na zakup samochodów, agregatów pompowych i drobniejszego sprzętu.
Przez 25 lat WFOŚiGW w Rzeszowie wydał 1,4 mld zł na cele związane z ochroną środowiska. Łącznie było to 9132 zadania Dzięki pieniądzom zarządzanym przez WFOŚGW w Rzeszowie udało się zbudować lub zmodernizować: 7134 km kanalizacji, 1261,75 km sieci wodociągowych, 218 komunalnych oczyszczalni ścieków, które przerabiają 227099 m3 ścieków na dobę. Natomiast 26,64 kilometrów rzek i wałów powodziowych zostało przebudowanych i wyremontowanych. Ponadto udało się ograniczyć emisję dwutlenku węgla do atmosfery o 85 763,31 ton, zaś pojemność wybudowanych i zmodernizowanych składowisk odpadów to 1 227 377,30 m3.
Wszystkie te działania - realizowane systematycznie przez 25 lat - są współfinansowane przez Wojewódzki Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej w Rzeszowie. Dzięki temu w XXI wieku w województwie podkarpackim można cieszyć się zarówno wspaniałym dziedzictwem przyrodniczo-kulturowym, jak również pięknem środowiska w poczuciu związku z przyrodą.