1. Środki finansowe Funduszu mogą być przekazywane na dofinansowanie zadań z zakresu ochrony środowiska i gospodarki wodnej realizowanych przez państwowe jednostki budżetowe za pośrednictwem rezerwy celowej budżetu państwa. Przyznana pomoc nie może przekroczyć 70% kosztów zadania.
2. Decyzję o udzieleniu dofinansowania podejmuje Zarząd Funduszu na podstawie złożonego przez kierownika państwowej jednostki budżetowej wniosku o dofinansowanie W-12, w oparciu o listę zadań zakwalifikowanych do dofinansowania. Procedura rozpatrywania wniosków znajduje się tutaj.
„Zasady udzielania i umarzania pożyczek oraz tryb i zasady udzielania i rozliczania dotacji przez Wojewódzki Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej w Rzeszowie” regulujące tą formę pomocy znajdują się tutaj.